Могу порекомендовать двухпанельный
веб файловый менеджер Cloud Commander он работает через ajax в любом браузере (даже мобильных), конечно, в Опера Мини работает без JavaScript (и без ajax соответственно), но зато в нём есть командная строка и редактор с подсветкой синтаксиса. Серверная сторона не на php, а на node.js, зато работает на Windows, Linux и Mac OS. А так же он Open Source.