Компиляторы-транспиляторы-трансляторы (типа Coffee, LESS, Jade), тест-раннеры, стайл-чекеры и линтеры (mocha, chai, karma, (js|es)lint, jscs), плагины для таск-раннеров (grunt-contrib-watch, gulp-jade) — все это обычно ставится как --save-dev, потому что нужно только тем, кто контрибьютит в этот проект, работает с его кодом.
Библиотеки и фреймворки (expressjs, jquery, backbone), на основе которых работает ваш код, без которых ваш код не запустится у его потребителя — ставятся как --save.
