Могу ошибаться, но вам необходимо продублировать строку .pipe(dest('dist/css')) перед строкой .pipe(cleanCSS()). Также обратите внимание на свою последовательность: .pipe(autoprefixer()) должен явно выше стоять перед .pipe(cleanCSS()). Вы же сначала делаете манипуляции над кодом, а потом уже итог минифицируете. Должно получиться:
.pipe(plumber())
.pipe(sassGlob())
.pipe(sass({outputStyle: 'expanded'}))
.pipe(autoprefixer())
.pipe(dest('dist/css'))
.pipe(cleanCSS())
.pipe(dest('dist/css'))
Кстати, про # в названии папок - неправда. Все с ней работает.
