Михаил Серенков

Алексей Уколов у вас "Санкт-Петербург" попадет два раза в новый массив.

$a = [...];
$b = [];

foreach ($a as $item) {
    if (!array_key_exists($item['name'], $b)) {
        $b[$item['name']] = [];
    }

    if (!in_array($item['city'], $b[$item['name']])) {
        $b[$item['name']][] = $item['city'];
    }
}

Чтобы защититься от eval, нужно не использовать eval. Остальные методы можно обойти, все зависит от времени которое это займет.

Чтобы передать массив, запрос должен быть вида: filter?+category[]=1&+category[]=2&year_min=1989