Можно и в MySQL попробовать хранить, но намучаетесь прилично, поле active лучше сделать small integer.
А вообще посмотрим в сторону документоориентированых СУБД, в частности mongodb.
Быстрее будет через MySQL, так как вы сможете сразу составить запрос поиска по введеной пользователем букве, а если использовать json то нужно будет открывать весь файл и потом искать.