mirunn

Самый простой вариант:

# представим 1.csv как list из list (здесь разделитель ";" )
with open('1.csv') as f1:
    csv1 = [x.split(';') for x in f1.readlines()]

# 2.csv просто как list
with open('2.csv') as f2:
    csv2 = f2.readlines()

result = []

# для каждого элемента в csv1
for entry in csv1:
# проверяем его 40ой элемент на вхождение в list csv2
    if entry[40] in csv: 
# если да, то перекидываем нужный нам entry в result 
        result.append(entry)

with open('result.csv', 'w') as fo:
        fo.writelines(result)

Тут нет никаких проверок - исходим из того что оба csv не содержат пустых строк и подобного добра :)
Это не самое быстрое решение, но самое наглядное.