Решил проблему выборкой родителя
$nodes = $dom->execute('div.issue'); //выборка <div class="issue">
foreach ($nodes as $node) {
$rawContent = $node->childNodes;
foreach ($rawContent as $value) {
$page .=$value->C14N();
}
$parent = $node->parentNode;
$content =html_entity_decode($page);//преобразуем юникод в html
$id = $node->getAttribute('id'); //значение id
$num = substr($id, 5); //обрезаем "issue"
$fp = fopen($catalog . '/' . $num . '.html', "w"); //создание файла
fwrite($fp, $content); //запись
fclose($fp); //закрытие
$page='';
}