Надо бы ещё настроить SSH, если по уму: отключите протокол версии 1, отключите вход для root, отключите авторизацию по паролю и оставьте только по ключам. Займитесь настройкой прав доступа: уберите всех пользователей из группы wheel (в идеале, вообще оставьте каждого пользователя в своей группе), удалите sudo.
Посмотреть за rootkit'ом, если он в ядро не пролез, можно при помощи утилиты lsof — в Linux сложно скрыть работу с какими-нибудь файлами, ищите всякие записи, вроде (deleted), может и повезёт. Но если взломщик получил root'а, то он, скорее всего засунул модуль в ядро, который способен скрываться, что достаточно просто и студенты делают за месяц, как бы, мощь Linux тут против него играет. От этого Вас спасёт только переустановка. И берегите root в дальнейшем, как зеницу ока.