Для линукса:
1. Создаём файл нужного размера:
dd if=/dev/zero of=fs.vfat bs=SIZE count=1
2. Создаём файловую систему внутри файла:
mkfs.vfat fs.vfat
3. Монтируем (идеально будет где-нибудь на рамдиске)
mount fs.vfat /tmp/fsdir
4. Копируем что нужно, отмонтируем.
5. Пишем образ в раздел на флешке
dd if=fs.vfat of=/dev/sdX1
Пункт 5 пока не пробовал (нет подопытной флешки под рукой), но в теории всё верно.
