Потому что внутри образа postgres:13.3 анонсируется том /var/lib/postgresql/data. Поскольку он никак не описан при создании контейнера, создаётся анонимный том в стандартном хранилище и монтируется в контейнер. То, что в манифесте также объявлен ещё один том, никак не влияет на автосоздание вот этого. В итоге у нас два тома, один описан явно и смонтирован в /app/app/database/pgdata, другой описан в образе и смонтирован в /var/lib/postgresql/data.
Правильно монтировать свой том в /var/lib/postgresql/data, именно там образ будет хранить базу.
Посмотреть, что думает образ, можно командой docker inspect postgres:13.3
