Посмотрите вот этот мой развернутый ответ:
Подсоветуйте фреймворк для node?
Инструментов можно набрать тут:
nodeframework.com и тут
https://github.com/sindresorhus/awesome-nodejs и тут
https://github.com/vndmtrx/awesome-nodejs
По БД рекомендую MongoDB, если у Вас данные аморфные, сложной или часто изменяющейся структуры с этими драйверами:
https://www.npmjs.com/package/mongodb А если данные имеют редко меняющующуюся структуру и хорошо ложатся в таблицы, то берите реляционку, лучше PostgreSQL, с драйверами:
https://www.npmjs.com/package/pg Но я не люблю и не рекомендую ORM, обычно от них больше проблем, тормозов и дополнительной работы больше, чем выгоды от их внедрения. Если уж приспичит, то для монги есть mongoose:
mongoosejs.com это ODM, аналог ORM для документных баз, а для PG есть много вариантов, которые основаны на том же драйвере pg.
Паттерн MVC он вообще изначально был изобретен для графических интерфейсов пользователя, и там он еще как-то себя оправдывает, да и то кривенько, почитайте эти мои статьи:
habrahabr.ru/post/204958 и
habrahabr.ru/post/117791 Для ноды это вообще противоестественно. GUI и бекенд должны быть разделены сетевым API, на которое вешаются что мобильные приложения, что браузерные, что оконные, это уже без разницы.