Я бы рекомендовал Вам воспользоваться (на мой взгляд) самой лучшей утилитой для работы с БД MySql -
sqlyog. У неё есть интересная функция - работа с сервером через http-туннель (единственный php-скрипт который нужно разместить на сервере идёт в комплекте)
Эта функция очень помогла мне, когда админ "забыл" предоставить доступ к БД с моего хоста.