Похожие проблемы у меня иногда возникали в предыдущих версиях AE, если звук был в mp3. Это как-то связано с ошибками при кодировании звукового файла. Попробуйте пересохранить звуковую дорожку в wav PCM 48000 Hz 16 Bit Stereo.
Очень многие вещи облегчают скрипты, можно найти готовые в интернете или написать самому (JavaScript). Это и есть своего рода автоматизация в AE, можно делать что угодно, вплоть до чтения содержимого внешних файлов.
