Сделал всё, как описано у вас, в AE никаких проблем нет, альфа-канал присутствует. Возможно дело в настройках видеоредактора, который вы используете после After Effects. Если это Vegas, то можно попробовать следующее: Right Click на фрагменте -> Properties, в появившемся окне на вкладке Media напротив свойства Alpha Channel выбрать Premultiplied.
