Михаил

В целом вы всё делаете правильно.
Похоже, что причина ошибки

error: The following untracked working tree files would be overwritten by merge:

в том, что в папке, где вы инициализировали репозиторий командой git init, уже есть какие-то файлы.
Убедитесь, что в этой папке нет других файлов и папок, кроме .git.
Это можно сделать, например, выполнив команду git status.