Кирилл Миченус

Решение:

ymaps.option.presetStorage.add 'custom#mypreset',
      hintLayout: null
      iconSize: [66, 26]
      iconOffset: [-16, -23]
      iconShape: {
        type: 'Rectangle',
        coordinates: [[-16, -26], [50, 0]]
      }
      pane: 'overlaps'
      iconLayout: MyCircles

Т.е. добавил pane: 'overlaps' Остальные настройки как и прописано в документации.
Это то что нужно, так как я создаю свою интерактивность.

https://tech.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/refe...
'overlaps': pane.MovablePane (zIndex: 600) — пейн для объектов, не требующих использования активных областей для реализации своей интерактивности;

Да можно, ставим маркеру два свойства

{
  "zIndex": 701,
  "pane": "balloon"
}

Осталось разместить ballon справа - можно добиться добавив класс или просто стилями !important.
Согласно справке, ballon имеет zindex 700, places - 400 и в разных пейнах, значит нужно перенести маркер в ballon пейн и выставить zindex.