mgyk

rails server -p 3000 -e production
этой командой вы поднимаете webrick встроенный, а не пассажир с nginx

1) Проверьте пути, если деплоите капистраной должно быть /home/deploy/myapp/current
2) Посмотрите в error.log nginx и включите лог пассажира https://www.phusionpassenger.com/documentation/Use...
3) Пассажир мониторит время обновления файлика tmp/restart.txt достаточно сделать touch tmp/restart.txt для того чтобы пассажир перечитал код приложения

Подкрутите в пассажире, чтобы максиум один инстанс на приложение был, ну и пул на 100 инстансев. Если приложение будут использовать более-менее похожий набор гемов то расход оперативы в пассажире будет не такой уж и большой на каждое из них. То есть память занимаемая рельсами должна шарится между инстансами.
Деплоить все это лушче всего капистрано.
Мне кажется, что вы пытаетесь сделать 1 клиент = один кастомизированный вариант приложения. В таком случае лучше задайте себе вопрос как вы будите поддерживать все приложения?