Хочется собрать raid-z1 из 4-х дисков задействовав "малышей" по 500гб, а позднее апгрейднуть все диски до 3тб.
Делайте. Это вполне штатный вариант. Впоследствии сделаете
zpool set autoexpand=on <pool> и через
zpool replace <pool> <device> [new-device] произведёте замену дисков. После замены последнего диска пул автоматически расширится до нового объёма.
остальные 2,5тб на каждом диске временно либо без raid использовать, либо в зеркале
Вам никто не может запретить стрелять себе в ногу. Делая так, вы должны отдавать себе отчёт, что создаёте повышенную нагрузку на эти два диска со всеми вытекающими.