Выхода три.
1) Установить чистый CentOS + VestaCP и перенести сайты
2) Попытаться вычистить сервер - что сложнее и не стабильнее
3) Поменять у всех сайтов ДНС на второй сервер (Установить чистый CentOS + VestaCP и перенести сайты), а когда будет готов ваш основной сервер, на него из бекапов Vesta восстановить все сайты.
