Нужно удалить файл из индекса
git update-index --assume-unchanged FILENAME
и если надо будет обратная команда, для возвращения в индекс:
git update-index --no-assume-unchanged FILENAME
Но правда если в удаленном репозитории этот файл будет изменен (более новая версия), то тогда и локальный опять таки будет переписан.
