Maxim Kirshin

Это обычный нативный метод для массивов. К React'у он прямого отношения не имеет.

Смотри по строкам:

const [todo, setTodo] = useState([]) // todo: массив todo'шек. setTodo - сеттер, для изменения переменной todo

const deleteItem = (id) => { // Объявляем функцию deleteItem, которая принимает внутрь id интересующей todo
  setTodo( // Устанавливаем новый state для переменной todo, которую объявили выше
    todo.filter(item => { // Берем текущее состояние переменной todo. 
       // filter как forEach проходится по каждому элементу массива. 
      // Принимает в себя callback вида (item, i, array), где item - текущий элемент (соответствует array[i]), текущий индекс, текущий массив (который обходим)
     // В функции callback'е ты должен вернуть булевое значение (true/false). Если true - элемент остается в массиве, если нет - убирается
      return item.id !== id // Если id элемента не равен id, который хотим удалить - оставляем элемент в массиве, иначе убираем
    })
  );

Чтобы было более ясно вот более простой пример, без state в React:

const products = [
  { id: 1, price: 25 },
  { id: 2, price: 50 },
  { id: 3, price: 75 },
  { id: 4, price: 100 },
  { id: 5, price: 125 },
]

// Оставим продукты, которые только с ценой выше или равной 100
const filteredProducts = products.filter(product => product.price >= 100) // [{ id: 4, price: 100 }, { id: 5, price: 125 }]

}

В твоем примере от него нет смысла.
А так он обычно используется, чтобы задать стейт на основании предыдущего значения стейта

function handler(newValue) {
  setValue((prevState) => prevState + 1) // Установит стейт на основании предыдущего значения + 1
}