Воспользуйтесь плагином
Scroll Magic.
Там есть триггеры start и end.
Просто берете эти триггеры и ставите их как бы друг за другом.
Сначала первая секция start, потом end и после этого end стартуете следующую анимация start - end.
Таким образом четко будет отрабатывать первый блок со своей анимацией, а потом следующий.
