Слушайте может я и не прав, но этот плагин вроде для ЗАПУСКА приложения, а не для создания .exe файлов.
Вам скорее всего нужен javafx-maven-plugin.
Вот статейка по настройке старой версии -
devcolibri.com/3264
Вот моя конфигурация для создания приложения под виндовс и jar для мультиплатформы (требуется Java 8):
<build>
<plugins>
<plugin>
<groupId>com.zenjava</groupId>
<artifactId>javafx-maven-plugin</artifactId>
<version>8.1.2</version>
<executions>
<execution>
<goals>
<goal>jar</goal>
<goal>native</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
<configuration>
<mainClass>org.tn.gallery.control.Application</mainClass>
<nativeOutputDir>${app.path}/win</nativeOutputDir>
<jfxAppOutputDir>${app.path}/jfx</jfxAppOutputDir>
<verbose>true</verbose>
<appName>jGallery</appName>
</configuration>
</plugin>
</plugins>
</build>
Также для того чтобы плагин смог создать нативное приложение с .exe файлом вам необходимо поставить эту штуку на машину:
www.jrsoftware.org/isdl.php 
