Алексей Медведев

Если использовать более популярные системы, типа вордпресс или джумла, то к неим существует невероятное кличество seo плагинов, делая их более гибкими по сравнению с тем же ModX'ом. А так действительно зависит. Архитектура cms разная, плюс хидеры, плюс robot.txt, плюс генерация sitemap.xml, плюс .htaccess с различными правилами mod rewrite. Так что это действительно факт, что зависит. Существует наконец SEO Monster, для поп. движков!

Ну тогда уж не crm, а cms )) Для таких монстров, которых вы привели в качестве примера, все сайты крутятся на самописных движках. Тем более у вас нестандартный контент: ИМ плюс различные модули. Ни одна из существующих на рынке такого функционала вам не даст. Лучше на те деньги, которые бы потратили, наймите специалиста и сделайте адекватную систему роутинга страниц и модулей. Плюс нагрузка может идти из-за неправильной оптимизации запросов к БД, а если она одна на все N доменов, то тогда вообще запросто.

И еще не совсем понятна фраза "каждая новая фича обновляется на всех 33 сайтах, нагружает сервак".

Ничего подобного, значения должны меняться! В phpinfo(); показываются всегда итоговые установленные значения