Просто сделай поток
демоном через параметр в threading.Thread.
If not None, daemon parameter explicitly sets whether the thread is daemonic. If None (the default), the daemonic property is inherited from the current thread.
Это поможет вот почему:
daemon
A boolean value indicating whether this thread is a daemon thread (True) or not (False). This must be set before start() is called, otherwise RuntimeError is raised. Its initial value is inherited from the creating thread; the main thread is not a daemon thread and therefore all threads created in the main thread default to daemon = False.
The entire Python program exits when no alive non-daemon threads are left.
Выделение моё.
Ну а если у тебя есть неподконтрольные тебе недемонические потоки, то тогда придётся заворачивать основного бота в try catch. И да, то что "бот разбит на файлы с классами и методами" абсолютно ничего не меняет. Если бот синхронный, у него есть точка входа, где ты запускаешь его работу, и любое непойманное исключение в этом потоке всплывёт только там. Если бот асинхронный, то нужно реагировать на непойманные исключения в корутинах - читай доки на asyncio как это сделать.
Ну и оптимальное решение - разобраться уже, где всплывает исключение, понять его причину, и исправить.
