Так не нужно включать консольный ввод input() в цикл работы pygame, у Вас окно "зависает" потому что постоянно ждет ввод в консоль. Никаких input быть не должно.
Заодно, если рисуете квадрат, стоит добавить очистку экрана перед pygame.draw..., чтобы за ним не тащился "след".
win.fill((0,0,0))
