Щас предложу вариант, без конкретики но суть вы уловить должны, во первых, если надо править конфиги, вам не обязательно давать доступ к серверу, эти конфиги вы можете сделать редактируеми через какую нибудь веб морду, что касается запуска приложений, вы можете так же сделать пару кнопок, нагардив веб сервер соответствующими правами. Зачем давать доступ рута?
