Я еле разобрался, в общем так:
Команда apm работает через Shell в Windows.
Что бы это команду было видно, я прописывал в переменные окружения путь к apm
примерно такой: \Atom\App\Atom\resources\app\apm\bin
Еще устанавливал Node.js, не знаю, обязательно ли это.