Столкнулся с подобной проблемой на POP3. Клиенту из 1С формируются экселевские документы, а с почтой он работает через Outlook и только через него, единицы из документов открываются. Перепробовал всё и вся, в том числе менял формат на pdf. Проблема воспроизводилась на 2010 и 2013 Outlook-е, на других не пробовал. После всех тестов получилось так, что файлы зануляются, а причина в том, что тело письма не содержало никакого текста, где логика я не понял, но добавив текст в письмо, Outlook сразу стал работать и файлы стали открываться. Для упрощения:
Сообщение = Новый ИнтернетПочтовоеСообщение;
Текст = Сообщение.Тексты.Добавить();
Текст.ТипТекста = ТипТекстаПочтовогоСообщения.ПростойТекст;
Текст.Текст = "Текст";
