Семантические графовые базы данных скорее всего подходят под данную задачу. Типа RDF/Semantic Web.
В качестве языка запросов там могут быть использованы SparQL. В качестве платформы хранения.... а чорт
его знает. Там много форматов. И XML и JSON и есть бинарники и JDBC адаптеры.
Это вообще серебрянная пуля которая везде подходит. Даже реляционки можно также представить. Со своими
накладыми но можно.
Но есть несколько мыслей почему их применение может быть неудобным. Первая. Например - знания о том
как все внутри устроено - будут только у 1 человека. У создателя этой базы. И никто кроме автора
в этой базе ничего не найдет.
Вторая. В эпоху умных чятов такие базы знаний умерли очень быстро. Вернее сказать их полезность
сильно девальвировала. В 20м веке в такие базы много вкладывали. Делали ставку на то что системы
со строгими правилами позволят выводить новые правила и факты. Но не сбылось.
Возможно я ошибаюсь и автору нужно на самом деле другое? Что другое? Ну просто какой-то язык
разметки типа markdown language или вообще confluence где можно макросами расширить функционал
и просто делать ссылки на формулы. И может быть это автору будет достаточно.
Вобщем для более глубокого понимания хотелось-бы чтоб автор просто привел парочки примеров. Может
там реально все проще.