Если ты говоришь о нормализации - то никак. JSON не предполагает никаких ссылочных связей внутрь документа. Считай что JSON - это денормализованная копия БД. Как с этим жить - большой вопрос. И его надо обсуждать поняв что тебе на самом деле нужно. Потому что конвертация EAV в JSON это какая-то странная очень узкая задача. Может тебе на самом деле это и не надо.