Делать бекапы, делать бекапы, делать бекапы, делать бекапы, делать бекапы. ИЛИ древнем шаманством в .htaccess добавить редирект на нормальную страницу, без вирусни. К примеру на index2.php! О чудо! Вирус бесполезен. А вообще, проанализируйте логи, сайт, названия папок и остальное. И логируйте все, что возможно до конца удаления зловреда.
