Это так же происходит в Firefox, подозреваю что так же и в Opere . Причём проверено на примере из документации. Просто те кто разрабатывали JS API_callback, если выражаться цензурно, плохо подумали как это сделать. Надо было в FAPI.init вставить API_callback в качестве пятого параметра, после обработчика ошибок. Они же придумали заморочиться с глобальными функциями. Отсюда 1000 000 глюков.
Такая же проблема будет если платеж будет совершён автоматом ( без окна подтверждения ) и пользователь закроет окно платежки не по кнопке закрыть, а на крестить в правом верху окна.
Как вариант решения по таймеру запрашивать сервер приложения о результате платежа.