localStorage - очевидный вариант. Я его использовал даже в мобильной игре на
HTML5/Cordova/iOS/Android для сохранения очков и настроек - все отлично работает.
Посоветую на всякий случай использовать при сохранении данных в
localStorage использовать уникальный префикс для объекта, например:
$( window ).scroll( function() {
localStorage.setItem( 'www_mysite_com_scroll_position', $( window ).scrollTop() );
} );