aiogram и Flask не должны быть связаны вообще ни как! Это всё равно, что забивать гвозди шуруповёртом.
aiogram - асинхронная библиотека основанная на AIOHTTP
AIOHTTP - фреймворк для создания АСИНХРОННЫХ веб-приложений
Flask — фреймворк для создания СИНХРОННЫХ веб-приложений
В aiogram уже есть сервер (при запуске написанного бота, стартует и сервер на aiohttp). Вместе с aiogram можно использовать Nginx или Apache для проксирования запросов(если имейте несколько ботов или если так будет удобней отправлять ssl - сертификат серверу телеграмма для установки webhook)
Если запускайте приложение на linux то можно просто использовать gunicorn (в отличии от Flask который всегда запускается через wsgi)