Засовываешь тогглы в функцию menuToggle, чтоб было проще и чтоб код был чище и делаешь так:

const iconMenu = document.querySelector('.menu__icon');
const menuBody = document.querySelector('.menu__body');

function menuToggle() {
  document.body.classList.toggle('_lock');
  iconMenu.classList.toggle('_active');
  menuBody.classList.toggle('_active');
  if (menuBody.classList.contains('_active')) {
    menuBody.addEventListener ('click', function(e) {
    if (e.target.tagName == 'A') {
      menuToggle()
    }
  }, { once: true })
  }
}

iconMenu.addEventListener('click', menuToggle)