Чтобы navigator.credentials.get использовал встроенный Windows Hello, у тебя должен быть:
credential, зарегистрированный через Windows Hello, то есть:
authenticatorAttachment: "platform" при создании (navigator.credentials.create)
user verification включён (например, PIN)
Иначе Windows будет звать последний известный способ — в твоем случае внешний ключ.
Что тебе нужно сделать
Заново зарегистрировать credential через navigator.credentials.create(), указав authenticatorAttachment: "platform":

const publicKey = {
  challenge: new Uint8Array(32),
  rp: { name: "Example Corp" },
  user: {
    id: new Uint8Array(16),
    name: "user@example.com",
    displayName: "User"
  },
  pubKeyCredParams: [{ alg: -7, type: "public-key" }],
  authenticatorSelection: {
    authenticatorAttachment: "platform",
    userVerification: "required",
    residentKey: "required"
  },
  timeout: 60000,
  attestation: "none"
};

const cred = await navigator.credentials.create({ publicKey });
console.log(cred);

Сохрани credentialId из полученного cred.rawId (в base64url).
При логине (через navigator.credentials.get) передавай этот ID.