Разбейте задачу на подзадачи:
1) Проверить, что данный элемент надо удалить
1.1) Проверить, что элемент не уникальный
1.2) Проверить, что элемент - не первый среди одинаковых (один-то его надо оставить)
2) Удалить элемент из массива дописав 0 в конце.
Все эти пункты выполняются циклом. в первых пунктах будет удобно завести булевую переменную, которая после цикла будет содержать значение проверки.
