Максим

Как вариант есть возможность генерить сущности по существующей БД вот пример
Симфони не исключение, это просто инструмент, и да, встроенная и продвигаемая фреймворком идеология, это ORM Doctrine, и в ней удобней всего лишь создавать на основе сущностей таблицы в БД, но никто не может вам не может запретить делать обратное.
Не имел дело с Yii2, но работал с RubyOnRails там схожий подход.

нашел не совсем красивое решение

$sql = "INSERT INTO table (field1, field2) VALUES ('foo', 'var')";
$stmt = $em->getConnection()->prepare($sql);
$stmt->bindValue('invoice', $invoiceId);
$result = $stmt->execute();