Без команд не получится - по pull выгружается только ветка, на которой стоит маркер HEAD. А постоянно использовать clone - ни в какие ворота.
И когда-нибудь, вам придется объединять исходники вручную, а это pull - merge - commit - push
Читайте
progit, повышайте свой общий уровень знаний.