Чтобы сохранялся один раз нужно проверять:
:есть ли в файле такой id
:если есть то мы ничего не делаем или пишем: "Такой id уже зарегестрирован"
: если нет то вписываем

пример:

id = "id"

file = open("yourFile.txt", "r")
fileReaded = file.read()
file.close()

if id in fileReaded:
    print("Пользователь по етому id уже зарегестрирован!")
else:
    file = open("yourFile.txt", "a")
    file.write("id")
    file.close()