Ситуация нестандартная и довольно странная. Если раздел изначально был в формате NTFS — вне зависимости от того, использовался GPT или MBR, — серьёзных проблем обычно не возникает. Исключением может быть случайно включённый BitLocker: если диск по каким-то причинам оказался зашифрован, доступ к данным возможен только при наличии предыдущей системы или ключей восстановления.
Если же структура раздела была нарушена, но шифрование не применялось, раздел при необходимости можно попытаться восстановить.
Перед установкой другой операционной системы рекомендуется заранее создать резервную копию старой системы, а также отдельно сохранить все ключи шифрования — на случай непредвидённых проблем. Желательно также подготовить резерв системы в варианте Sysprep, что упростит возможный откат и восстановление данных в будущем.