masha yelisey

Учитывая, что темы модулей совсем разные, лучше разносить на поддомены, чтобы поисковику проще было разобраться где о чем.
К тому же никто не застрахован от смены релевантных страниц в рамках одного сайта по только-роботам-известным причинам, восстановить потом тяжеловато может быть.
голосую за первый вариант)

Почитайте книги, которые пишет Ingate.
У них по продвижению куча актуальной литературы, и постоянно появляются новые короткие емкие книжечки (доступные для скачивания бесплатно прям у них на сайте).
www.sembook.ru/buy а вот эта штука совсем потрясающая, я по ней училась

так у вас же один домен, нет?
ну то есть страницы типа domain.ru/city и domain.ru/news - это страницы второго уровня одного домена
сделайте ссылки на общие новости и доставку, и не плодите дублей типа domain.ru/msk/ship
(т.е. будет общая страница второго уровня domain.ru/ship и все)
и будет вам счастье)