непонятно каких магических советов вы ожидаете…
попробуйте автоматические подсказывалки:
launchpad.net/mysql-tuning-primer и
github.com/rackerhacker/MySQLTuner-perl.
затем включайте логирование slow query и анализируйте
forge.mysql.com/projects/project.php?id=333 
