Решил правкой реестра - прописал путь к программе и ассоциацию для fb2. Возможно, второе было лишним. Собственно, нужные ветки вы найдёте и сами, но на всякий случай укажу:
HKEY_USERS\S-1-5-21-3550916826-435299721-782241720-1000_Classes\Applications\AlReader2.exe\shell\open\command (путь)
HKEY_USERS\S-1-5-21-3550916826-435299721-782241720-1000_Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\MuiCache (путь)
HKEY_USERS\S-1-5-21-3550916826-435299721-782241720-1000_Classes\fb2_auto_file\shell\open\command (путь)
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\.fb2\OpenWithList (имя)
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\FileExts\.fb2\OpenWithProgids (имя)