Вместо ExtractTextPlugin используй isomorphic-style-loader, пример:

{ test: /\.(sass|scss)$/, use: [
  { loader: "isomorphic-style-loader" },
  { loader: "css-loader", options: { modules: true }},
  { loader: "postcss-loader" },
  { loader: "sass-loader" }
]}

Так решим проблему только со стилями, плюс рабочие css модули.

Честно сам не могу привести сборку server-side на webpack'e в правильный вид. Но видимо webpack-isomorphic-tools решает все эти проблемы.