Каждые 3 секунды не часто? если раз в минуту будет достаточно, то можно следующий вариант:
в линуксе есть демон cron.
Для его настройки можно использовать следующую команду: crontab -e
Строки должны быть в следующем виде: # m h dom mon dow user command
После в вашем случае необходимо ввести: */1 * * * * /path/to/program