сохранять файлы в utf.
если это по каким-либо причинам невозможно, то конвертить туда-сюда налету при помощи фильтров или постоянно менять кодировку в браузере при просмотре в режиме raw.
PS пример фильтра
https://github.com/msysgit/msysgit/issues/113 