Андрей, site.ru я бы так и оставил для Питера + добавил в вебмастере регион РФ + доставляем по РФ в метатегах.
Вами желаемый поиск по РФ это просто хотелка которая не реализуется без офисов в нужных вам городах.
Только поддомены(или подпапки) спасут ситуацию с регионами. А site.ru который будет показываться по всей рф очень сложно, дорого, не результативно. Ах да, готовьте бюджет на уникализацию контента под каждый поддомен spb.site.ru, msk.site.ru и nsk.site.ru. Пришлите адрес сайта (контакты на моей странице), предложу более детальное решение.