Скажу про корень MODX - я бы ничего лишнего там не держал,если что-либо нужно, прячьте в папки внутри корня, в assets и т.п.
Мне сложно сказать, как именно у вас там устроено, не видючи.. но если берет уже сгенеренный минифицированный файл, то потроха пожалуй не нужны..
Да чего тут думать, проверьте быстро, уберите во временную папку, внесите изменения в минифицированный стиль, работает? Профит!
